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公司超过开票限额如何缴税
小规模纳税人开票超过月3万或季度9万，不再享有优惠，增值税税率3%。
具体算法：营业额/1.03×3%
小规模纳税人超过开票限额应该怎么处理
根据《国家税务总局关于增值税一般纳税人认定有关问题的通知》(国税函〔2008〕1079号)的有关规定，2009年应税销售额超过新标准的小规模纳税人，应当按照《中华人民共和国增值税暂行条例》及其实施细则的有关规定向主管税务机关申请一般纳税人资格认定，未申请办理一般纳税人认定手续的，应按销售额依照增值税税率计算应纳税额，不得抵扣进项税额，也不得使用增值税专用发票。
因此，纳税人发生的全部销售额应按适用税率征收增值税，并非超过部分销售额按适用税率计征。
另外，根据《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第28条规定，一般纳税人的标准为：
(一)从事货物生产或者提供应税劳务的纳税人，以及以从事货物生产或者提供应税劳务为主，并兼营货物批发或者零售的纳税人，年应征增值税销售额(以下简称应税销售额)在50万元以上的;
(二)除上述(一)项规定以外的纳税人，年应税销售额在80万元以上的。
本条第一款所称以从事货物生产或者提供应税劳务为主，是指纳税人的年货物生产或者提供应税劳务的销售额占年应税销售额的比重在50%以上。
开票金额大于收入怎么交税?
一般情况下增值税申报时，申报的是当月的开票金额，
而利润表上的收入必须与增值税申报表上的这个金额一致。
除非是你上月增值税纳税申报时报过未开票收入，本月才开对应这部分收入的发票。
那么有可能出现本月的开票金额大于你当月确认的收入金额。
否则你等于少报收入，偷税(企业所得税)。
要是你确实是我所说的上月未开票收入本月开票的情形，
那你要把申报数据导出来，到国税局单独申报，而不能从网上申报，
电子申报必须保证两者一致才能报出去，故你是无法在企业里直接报的。
具体操作建议你问一下当地税务局或者是你的报税软件公司，咨询一下如何导出数据。
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