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企业应如何健全内部控制的风险
根据《中华人民共和国发票管理办法》（国务院令第587号，以下简称发票管理办法）规定，发票是指在购销商品，提供或者接受服务以及从事其他经营活动中，开具、收取的收付款凭证；不符合规定的发票，不得作为财务报销凭证，任何单位和个人有权拒收。
风险分析
1.根据《国家税务总局关于进一步加强普通发票管理工作的通知》（国税发[2008]80号）的规定，在日常检查中，发现纳税人使用不符合规定发票特别是没有填开付款方全称的发票，不得允许纳税人用于税前扣除、抵扣税款、出口退税和财务报销。对应开不开发票、虚开发票、制售假发票、非法代开发票，以及非法取得发票等违法行为，应严格按照发票管理办法的规定处罚；有偷逃骗税行为的，依照《中华人民共和国税收征收管理法》的有关规定处罚；情节严重触犯刑律的，移送司法机关依法处理。
2.购置办公用电脑可抵扣增值税，但未取得增值税专用发票，致使进项增值税不能抵扣。
3.委托外单位维修生产设备，未事先分析筹划选择增值税一般纳税人还是小规模纳税人，即使合作方为小规模纳税人，也未取得对方到税务机关申请代开的增值税专用发票。
4.根据《财政部、国家税务总局关于在上海市开展交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点的通知》（财税[2011]111号）的规定，自2012年1月1日起，上海市试点企业有偿提供软件开发服务缴纳增值税，不再缴纳营业税，提供现代服务业服务（有形动产租赁服务除外），税率为6%.另外，按照《国家税务总局关于上海市营业税改征增值税试点增值税一般纳税人资格认定有关事项的公告》（国家税务总局公告2011年第65号）的规定，试点纳税人应税服务年销售额超过500万元的，除本公告第二、第三条规定外，应当向主管税务机关申请增值税一般纳税人（以下简称一般纳税人）资格认定。甲公司在该项业务中，评标方案未考虑营业税改征增值税的影响，来自上海的投标单位为试点企业，具备一般纳税人资格，可开具增值税专用发票，其投标价格仅比中标企业高1%，而中标企业不是试点地区的企业，未改征增值税，故选择上海市试点企业为合作单位更佳。
5.根据《国家税务总局关于废止逾期增值税扣税凭证一律不得抵扣规定的公告》（国家税务总局公告2011年第49号）和《国家税务总局关于逾期增值税扣税凭证抵扣问题的公告》（国家税务总局公告2011年第50号）的规定，为保障纳税人合法权益，经国务院批准，现将自2007年1月1日以后开具的增值税扣税凭证未能按照规定期限办理认证或者稽核比对（以下简称逾期）抵扣问题公告如下：对增值税一般纳税人发生真实交易但由于客观原因造成增值税扣税凭证逾期的，经主管税务机关审核、逐级上报，由国家税务总局认证、稽核比对后，对比对相符的增值税扣税凭证，允许纳税人继续抵扣其进项税额。本公告所称增值税扣税凭证，包括增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书和公路内河货物运输业统一发票。为此，甲公司可根据国家税务总局公告2011年第50号的规定，增值税专用发票因邮寄丢失、误递导致逾期，凭邮政单位出具的说明，按照公告要求提供的材料和规定的程序，向主管税务机关申请办理逾期抵扣。
应对措施
1.建立发票管理制度。规范企业发票的领购、开具、取得和保管等行为。
2.灵活的培训机制。因人而异，针对不同的人员开展不同内容的发票知识培训。
3.合理的流程设置。建立和优化费用报销流程和发票审核流程，明确相关人员职责，规范发票管理，防范发票风险。
4.建立责任追究机制。对业务人员、财务人员和合作单位分别采取不同的责任追究措施，督促其规范发票管理。
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