蛋白质从溶液中析出的现象，称为蛋白质的沉淀。蛋白质沉淀常用的方法有盐析法、等电点沉淀法、有机溶剂沉淀法、重金属盐沉淀法、生物碱试剂与某些酸（如三氯醋酸）沉淀等。
盐析法
在蛋白质溶液中加入大量的硫酸铵、硫酸钠或氯化钠等中性盐，破坏蛋白质的水化膜和中和电荷，使蛋白质颗粒相互聚集，发生沉淀。
等电点沉淀
等电点沉淀法是利用蛋白质在等电点时溶解度最低而各种蛋白质又具有不同等电点的特点进行分离的方法。
有机溶剂沉淀
有机溶剂能降低溶液的电解常数，从而增加蛋白质分子上不同电荷的引力，导致溶解度的降低；另外，有机溶剂与水的作用，能破坏蛋白质的水化膜，故蛋白质在一定浓度的有机溶剂中的溶解度差异而分离的方法称有机溶剂分段沉淀法。常用于蛋白质或酶的提纯。使用的有机溶剂多为乙醇和丙酮。
重金属盐沉淀法
其原理是重金属盐可与蛋白质形成不溶于水的蛋白盐沉淀，从达到沉淀蛋白质的目的。
生物碱试剂/酸沉淀
蛋白质又可与生物碱试剂以及某些酸结合成不溶性的盐沉淀，沉淀的条件应当是pH小于等电点，这样蛋白质带正电荷易于与酸根负离子结合成盐。