区别：1、辅酶和辅基的主要区别在于与酶蛋白结合的紧密程度不同，非蛋白质部分与酶蛋白结合松散称为辅酶，非蛋白质部分与酶蛋白结合牢固的称为辅基。2、经透析或超滤方法可使辅酶与酶蛋白分离；而辅基与酶蛋白结合紧密，不能通过透析或超滤方法除去。
辅酶定义
与酶蛋白结合疏松，用透析法容易与蛋白部分分开的有机小分子。
由于辅酶在酶催化反应中其化学组分发生了变化，因此可以认为辅酶是一种特殊的底物或者称为“第二底物”。这种所谓的第二底物可以被许多酶所利用。例如，已知有约七百种酶可以利用辅酶NADH进行催化。
在细胞内，反应后的辅酶可以被再生，以维持其胞内浓度在一个稳定的水平上。例如，NADPH可以通过磷酸戊糖途径和甲硫氨酸腺苷基转移酶作用下的S-腺苷基蛋氨酸来再生。由于辅酶的再生对于维持酶反应体系的稳定是必要的，因此，辅酶再生系统获得了大量的实验室以及工业应用。