南方科技大学王牌专业有数学与应用数学、物理学、光电信息科学与工程、理论与应用力学、生物医学工程、通信工程、材料科学与工程、生物科学等，以下是具体名单，供大家参考。
南方科技大学有哪些专业| 二级学院 | 系（院）、中心 | 专业 |
| 南方科技大学理学院 | 数学系 | 金融数学、数学与应用数学 |
| 物理系 | 物理学、应用物理学 | |
| 化学系 | 化学 | |
| 地球与空间科学系 | 地球物理学 | |
| 统计与数据科学系 | 统计学 | |
| 南方科技大学工学院 | 力学与航空航天工程系 | 理论与应用力学、航空航天工程 |
| 机械与能源工程系 | 机械工程、机器人工程 | |
| 材料科学与工程系 | 材料科学与工程 | |
| 电子与电气工程系 | 通信工程、光电信息科学与工程、信息工程 | |
| 计算机科学与工程系 | 计算机科学与技术、智能科学与技术 | |
| 海洋科学与工程系 | 海洋科学、海洋工程与技术 | |
| 生物医学工程系 | 生物医学工程、智能医学工程 | |
| 环境科学与工程学院 | 环境科学与工程、水文与水资源工程 | |
| 深港微电子学院 | 微电子科学与工程 | |
| 系统设计与智能制造学院 | 工业设计 | |
| 南方科技大学生命科学学院 | 生物系 | 生物科学、生物技术、生物信息 |
| 南方科技大学医学院 | 医学神经科学系 | - |
| 药理学系 | - | |
| 生物化学系 | - | |
| 人类细胞生物和遗传学系 | - | |
| 公共卫生及应急管理学院 | - | |
| 南方科技大学商学院 | 金融系 | 金融学、金融工程 |
| 信息系统与管理工程系 | 大数据管理与应用 | |
| 南方科技大学人文社会科学学院 | 人文科学中心 | - |
| 社会科学中心暨社会科学高等研究院 | - | |
| 高等教育研究中心 | - | |
| 语言中心 | - | |
| 艺术中心 | - | |
| 未来教育研究中心 | - | |
| 南方科技大学创新创业学院 | - | - |
| 南方科技大学创新创意设计学院 | - | - |
| 思想政治教育与研究中心 | - | - |
| 体育中心 | - | - |
2020年度一流本科专业建设点名单（国家级+省级）
国家级：理论与应用力学、生物医学工程
省级：微电子科学与工程、生物科学
2019年度一流本科专业建设点名单（国家级+省级）
国家级：数学与应用数学、物理学、光电信息科学与工程
省级：通信工程、材料科学与工程、环境科学与工程