医学博士专业学位和学术学位的区别主要是：
1、培养目标不同：医学博士专业学位是培养在医学领域具有坚实的基础理论能够承担专业技术或管理工作的专门人才，学术学位培养的是学术研究人才。
2、培养方式不同：医学博士专业学位课程设置以实际应用为导向，以职业需求为目标，以综合素养和应用知识与能力的提高为核心。学术学位的课程设置侧重于加强基础理论的学习，重点培养学生从事科学研究创新工作的能力和素质。
材料补充：
研究生学历者申请临床医学专业学位流程及方法：
1、现行的临床医学研究生采取“分段连续培养、中期考核筛选、择优进入第二阶段、直接攻读博士学位”的办法培养。完成第一、第二阶段培养者，可申请临床医学博士专业学位，完成第一阶段培养但未升入第二阶段者，经过一年临床工作实践，可申请临床医学硕士专业学位。
2、通过研究生培养的途径获得临床医学硕士学位者，自获得学位后在相应专业从事临床工作三年以上，经学位授予单位考核，认为其临床工作能力达到授予临床医学博士专业学位要求的水平，可接受其在职申请临床医学博士专业学位。申请人可免于提交住院医师规范化培训证书，其它需提交的材料。