基础医学和临床医学在专业学习的侧重点、专业大方向和要求、专业培养目标、就业方向上有区别。
1、在专业学习的侧重点上，基础医学研究医学基础学科，临床医学是以内外妇儿、五官科、眼科、皮肤科为临床应用学科的内容，学习的课程涵盖几乎所有的医学课程。
2、在专业大方向和要求上，基础医学主要是偏向理论学习和理论研究，而临床医学则更具实践性。基础医学需要学生识记和掌握很多的理论知识，同时要参与很多的理论实验，最终能验证某个医学理论或发展与创新某个医学理论，而临床医学则要求学生胆大心细，直接面对病人，在学习理论知识的基础上应对各种突发情况、判断和处理各种疑难杂症。
3、在专业培养目标上，基础医学专业培养具备自然科学、生命科学和医学科学基本理论知识和实验技能的人才，临床医学专业培养德、智、体、美全面发展，具有良好职业道德和人文素养，掌握基础医学和临床医学基础理论、基本知识和基本技能，从事基层医疗卫生服务工作的高素质实用型医学专门人才。
4、在就业方向上，基础医学的毕业生今后主要从事研究工作，临床医学专注于实际操作，从事麻醉学、医学影像学、医学检验、放射医学、视光学 、医疗美容技术、医学检验技术多个方向的工作。
补充材料：
医学专业的分类主要有基础医学类、临床医学类、口腔医学类、公共卫生与预防医学类、中医学类、中西医结合类、药学类、中药学类、法医学类、医学技术类、护理学类、临床医学与医学技术类。医学的专业设置主要有基础医学、临床医学、麻醉学、放射医学、口腔医学、预防医学、卫生检验与检疫（授予理学学位）、妇幼保健医学、营养与食品卫生（授予理学学位）、中医学、针灸推拿学、藏医学、蒙医学、维医学、壮医学、哈医学。