上海九院（上海交通大学医学院附属第九医院南院）和其北院的区别主要是地点和规格不同：
南院即总部，位于上海市黄浦区，是最初的旧校区，这里的专家和医生比较多，南院的总核定床位数是1000张。
北院是后来建立的新校区，建筑、周围环境、基础设施比南院好，在上海市宝山漠河路(原市三医院)，北院的总核定床位数是800张。
材料补充：
上海交通大学医学院附属第九人民医院的前身“伯特利医院”创建于1921年。1952年更名为上海第九人民医院，1964年正式成为上海第二医科大学附属第九人民医院，是一家三级甲等医院。