执业药师注册不能同时申请俩个药店，因为执业药师只能在一个机构注册和执业。药品生产、经营、使用单位的人员取得《执业药师资格证书》后即可向执业单位所在地区的执业药师注册机构申请办理注册手续。
持有《执业药师资格证书》的人员，经向注册机构申请注册并取得《执业药师注册证》后，方可以执业药师身份执业。家药品监督管理局为全国执业药师注册管理机构，各省、自治区、直辖市药品监督管理局为本辖区执业药师注册机构。
申请执业药师注册的人员，必须同时具备下列条件：
（一）取得《执业药师资格证书》；
（二）遵纪守法，遵守职业道德；
（三）身体健康，能坚持在执业药师岗位工作；
（四）经执业单位同意。