执业药师电子版证书能注册，不过需要在全国执业药师注册平台后有数据之后才行。如果人社部未将全国执业药师考试合格人员信息汇总上传至全国执业药师注册平台，没有数据，就不能注册。
开通全程网上办理证书注册地区：
北京、天津、河北、安徽、山西、辽宁、吉林、上海、江苏、福建、江西、山东、河南、湖南、湖北、广东、海南、重庆、云南、陕西、甘肃、宁夏、内蒙古。
执业药师注册流程：
1、进入执业药师注册平台，点击首页“执业药师注册网上申报”；
2、选择需要注册的省份；
3、进入【办理指南】页面，页面上会显示【网上全程办理】，就意味着该地区实行网上办理注册业务；
4、输入登录信息，身份证号或其他证件号，初始默认密码为111111，验证码；
5、登陆之后，执业药师按照办事指南的要求，上传电子证照，等待审核通过，通过后就可以自行打印注册证书。