执业中药师注册有效期为三年。执业中药师实行注册制度，参加执业中药师考试取得中药学类《执业药师资格证书》的人员，经向注册机构申请注册并取得中药学类《执业药师注册证》后，方可以执业中药师身份执业。
执业中药师只能在一个注册机构注册，在一个单位按照执业中药师执业范围执业。持中药学类《执业药师注册证》者，须在有效期满前三个月到原执业中药师注册机构申请办理再次注册手续。超过期限，不办理再次注册手续的人员，其中药学类《执业药师注册证》自动失效，并不能再以执业中药师身份执业。
凡取得中药学类《执业药师资格证书》，按规定完成继续教育学分，可保留执业药师资格。取得中药学类《执业药师资格证书》一年后申请注册的，除规定的资料外，还需同时提交载有本人参加继续教育记录的《执业药师继续教育登记证书》。