执业药师非必须一次性通过全部科目，全四科考试人员只要在连续四年内通过就可以。而免二科考试人员则须在连续两年内通过。执业药师考试实行全国统一组织、统一考试时间、统一考试大纲、统一考试命题、统一合格标准的考试制度，原则上每年进行一次。
执业药师考试科目分为药学类和中药学类两个类别。药学类四门科目为药学专业知识（一）、药学专业知识（二）、药事管理与法规、药学综合知识与技能。中药学类四门科目为中药学专业知识（一）、中药学专业知识（二）、药事管理与法规、中药学综合知识与技能。
执业药师采用纸笔作答的考试形式，四个考试科目在两天内考完，每半天考一科。四个考试科目每科考试时长120分钟，每科考试题量120问，每问1分，满分150分，综合近年的合格标准来看，每科达到72分就算合格。