执业药师和执业医师可以同时注册，执业药师属于药监系统，执业医师属于卫生系统，2个证分属不同，是可以同时注册的。
《执业药师注册管理办法》第五条指出：执业药师只能在一个执业药师注册机构注册，在一个执业单位按照注册的执业类别、执业范围执业。
《医师执业注册暂行办法》第六条指出：拟在医疗、保健机构中执业的人员，应当向批准该机构执业的卫生行政部门申请注册。拟在预防机构中执业的人员，应当向该机构的同级卫生行政部门申请注册。
拟在机关、企业和事业单位的医疗机构中执业的人员，应当向核发该机构《医疗机构执业许可证》的卫生行政部门申请。