执业药师和主管药师分属不同的系统，执业药师属于药监系统，主管药师属于卫生系统，执业药师不可以转为主管药师，但是取得执业药师资格证书的人员可以直接评中级职称。
执业药师由药监局认可。药品监督管理局办公室与人力资源社会保障部办公厅联合发布了《关于征求执业药师职业资格制度规定和资格考试实施办法两个征求意见稿意见的通知》药监办函〔2018〕165号，专业技术人员取得执业药师职业资格，可认定其具备主管药师或主管中药师职称，并可作为申报高一级职称的条件，所在单位根据工作需要可聘任执业药师为主管药师或主管中药师专业技术职务，这是单位在工作职务中的认可评级，与卫生部认可评定的主管药师职称是不一样的。