生物医学工程专业毕业几年可以考执业药师因学历而异，具体如下：
取得生物医学工程专业大专学历，在药学或中药学岗位工作满5年；
取得生物医学工程专业大学本科学历或学士学位，在药学或中药学岗位工作满3年；
取得生物医学工程专业第二学士学位、研究生班毕业或硕士学位，在药学或中药学岗位工作满2年；
取得生物医学工程专业博士学位，在药学或中药学岗位工作满1年。
执业药师报考条件中“药学或中药学岗位工作”，限于执业药师注册管理办法规定的注册领域和执业范围内的工作，即药品生产企业、药品经营企业、医疗卫生机构中的药品质量管理工作和药学服务工作。医师的医疗、预防、保健工作，护士的护理工作，医药院校教学、科研、管理工作，化妆品销售工作，不等同于执业药师职业资格考试报考条件中规定的药学或中药学岗位工作。