1、所属系统不同
执业药师考试是由国家人事部和食品药品监督管理局组织的，属于药监系统；而药师考试是国家卫计委组织的，属于卫生系统。
2、报名时间不同
执业药师报名一般会在每年的7、8月左右，而药师的报名一般会在每年的年底进行。
3、考试时间不同
执业药师的考试时间是在每年的10月，而药师的考试时间一般是在每年的5月份。具体以当年通知为准。
4、考试类型不同
执业药师考试科目有四门，分别为药事管理与法规、(中)药学专业知识一、(中)药学专业知识二、(中)药学综合知识与技能。初级药师考试也有四门，分别为基础知识、相关专业知识、专业知识、专业实践能力。
5、报考要求不同
以本科为例，毕业从事相关工作3年才可以考执业药师。但是毕业一年就可以考初级药师。并且，执业药师的工作证明可以是药企开具，专业只要是药学相关就可以。而药师的工作证明必须是医院、社区卫生所开出，毕业院校必须是相关目录中规定的才可以。
6、使用方向不同
执业药师考取之后一般是在药店使用，国家规定每个药店必须配备一个执业药师。初级药师是技术职称，需要由单位进行聘任。